Музей Москвы основан в 1896 году. Музей располагается в Провиантских складах, памятнике архитектуры федерального значения. Фондовая коллекция насчитывает около 890 000 единиц хранения, в том числе богатое собрание археологических артефактов. Музей Москвы также включает несколько филиалов: Музей археологии Москвы, Музей истории Лефортово, Центр Гиляровского, Музей «Садовое кольцо», Музей Зеленограда, Библиотеку имени Добролюбова и Гербовый зал города Москвы.
Музей был создан в 1896 году по инициативе московской Думы как Музей городского хозяйства, и разместился в Крестовских водонапорных башнях. Основой экспозиции послужили материалы павильона Москвы на Всероссийской художественно-промышленной выставке в Нижнем Новгороде.
В 1920 году музей был переименован в Московский коммунальный музей, а в 1926 году он переместился в Сухареву башню. Построенная в конце XVII века по проекту Михаила Чоглокова, башня была выдающимся памятником архитектуры, и переезд в башню музея стал большим событием для всех москвоведов и неравнодушных к истории своего города жителей. После сноса Сухаревой башни в 1935 году музей снова переехал, на этот раз — в здание храма Иоанна Богослова под Вязом на Новой площади. В 1930-е годы главной темой экспозиции стала реконструкция столицы по Генеральному плану 1935 года. А в 1947 году, к 800-летию Москвы, была открыта постоянная выставка, посвященная истории города. В 1986 году название снова сменилось — на Музей истории Москвы.
В 2009 году было принято решение о передаче музею зданий Провиантских складов на Зубовском бульваре для создания в них современного музея города. Вместе с новым адресом музей получил и новое название, которое лучше всего отражает широту его интересов и роль в городе — Музей Москвы. Вокруг музея было создано объединение с таким же именем, в которое вошли несколько музеев, по-разному рассказывающих об истории и культуре Москвы.
Коллекция Музея Москвы насчитывает около 890 000 единиц. В музее хранятся личные архивы десятков выдающихся москвоведов и историков города. Фонды включают свыше 300 персональных коллекций, тематических коллекций и семейно-родовых архивов известных московских купеческих семей — Бахрушиных, Сырейщиковых, Найденовых, Вишняковых, Шелапутиных, Сорокоумовских. Формирование коллекций началось еще в 1896 году, когда на Нижегородской художественно-промышленной выставке блистал формой и содержанием павильон Первопрестольной.