Boeing 747-400 - является самой популярной моделью из серии. У этого самолёта добавлены вертикальные законцовки на крылья (однако их нет на самолётах Japan Airlines, осуществляющих внутренние перевозки по Японии). Кабина экипажа была усовершенствована новой авионикой, в связи с чем отпадала необходимость в бортинженере. Были установлены дополнительные хвостовые топливные баки, усовершенствованные двигатели. Кроме того, самолёт отличает повышенная степень комфортности. В эксплуатацию 747-400 поступил в 1989 году в компании Northwest Airlines.
В целях повышения топливной эффективности крылья 747-400 были модернизированы, в результате чего размах крыла увеличился со 195 футов 8 дюймов (59,6 м) до 211 футов 5 дюймов (64,4 м). Были добавлены дополнительные композитные винглеты высотой 6 футов, расположенные под углом вверх и немного наружу от законцовок крыла. Аэродинамические характеристики этих винглетов обеспечивают непропорционально больший эффект подъемной силы к площади поверхности крыла в целом без увеличения общего размаха крыла или лобового сопротивления.
Масса крыла была снижена даже после увеличения размаха за счет использования высокопрочных алюминиевых сплавов и композиционных материалов.
Винглеты позволяют Боингу 747-400 сократить расход топлива на 3%, а их угол наклона вверх означает, что общий размах крыльев остается в пределах стандартной прорези на перроне аэропорта.
Для уменьшения лобового сопротивления были внесены аэродинамические улучшения в обтекателях, мотогондолах и стойках двигателей. Поставщики Boeing, такие как GKN, Daewoo, Fuji Heavy Industries, Parker Aerospace и Yokohama Rubber, позволили снизить вес планера в ряде областей за счет использования композитных материалов, таких как графит-эпоксидная смола, специальные алюминиевые сплавы и сотовые материалы.
Затраты на логистику и техническое обслуживание в течение всего срока службы были увеличены в ряде систем и компонентов. Крылья и фюзеляж имеют высокопрочную алюминиевую обшивку с увеличенным усталостным ресурсом. Структурные карбоновые тормоза Goodrich обладают улучшенными энергопоглощающими свойствами и износостойкостью, а также обеспечивают экономию веса 16 колес основного шасси (1800 фунтов (816 кг)).
Интерьер был спроектирован с учетом гибкости. Операторы могут использовать «функции быстрой смены», позволяющие им переставлять места для сидения, перемещать перегородки между классами, расположение туалетов и модулей камбуза по мере необходимости.
Потолок и боковые панели имеют форму, позволяющую максимально увеличить внутреннее пространство. Внутренние панели изготовлены из новых легких ламинированных материалов с термопластичными свойствами, которые обеспечивают большую пожаробезопасность и более низкий уровень дыма и токсичности.
Вместимость багажного отделения для пассажиров в 747-400 была увеличена до 2,95 футов? (0,082 м?) на одного пассажира. Система воздухораспределения имеет пять зон вместо трех, что обеспечивает больший контроль подачи воздуха и кондиционирования в зависимости от плотности пассажиров.
Отопление, вентиляция, кондиционирование воздуха, освещение и другие электрические системы самолета питаются от новой вспомогательной силовой установки (ВСУ) мощностью 1450 л.с. от Pratt & Whitney Canada, которая обеспечивает экономию топлива на 40%.
Боинг 747-400 оснащен четырьмя подкрыльевыми двигателями. Предлагаются три системы двигателя. Эксплуатанты могут выбирать между четырьмя турбовентиляторными двигателями Pratt & Whitney PW4062 с максимальной тягой 63 300 фунтов, четырьмя турбовентиляторными двигателями Rolls-Royce RB211-524H с максимальной тягой 59 500 фунтов или четырьмя турбовентиляторными двигателями General Electric CF6-80C2B5F с максимальной тягой 62 100 фунтов.
Внутренний запас топлива имеет максимальный запас 57 285 галлонов (216 840 л), что обеспечивает максимальную дальность полета 8 430 миль и типичную крейсерскую скорость 565 миль в час (910 км/ч) на высоте 35 000 футов.